Hver enkel Scientologi kirke er oprettet som en separat enhed og ledes af sin egen bestyrelse. Bestyrelsesmedlemmerne og de ledende medarbejdere udgør også kirkens gejstlige ledelse, som er fuldt ansvarlige for at stille kurser og auditering til rådighed for medlemmerne. 

Church of Scientology International (CSI, Den Internationale Scientologi Kirke), Scientologi kirkens moderkirke, har sit hovedkontor i Los Angeles i USA. CSI fører tilsyn med alle gejstlige aktiviteter, der udøves af alle grupper, organisationer og Scientologi kirker verden over og sørger for at de individuelle kirker modtager vejledning i deres virke. CSI sørger også for den planlægning og rådgivning, som er nødvendig for at sikre kirkens internationale vækst.